Museo perustettiin vuonna 1929. 1930-luvulla antiikkia esiteltiin vain kesäisin Haapsalun piispanlinnan vartiotornissa, koska museolla ei ollut omaa rakennusta. Vuonna 1946 museon käyttöön annettiin 1700-luvulta oleva raatihuone, ensimmäinen perusnäyttely avattiin vuonna 1950. Vuodesta 2014 on avoinna uusi perusnäyttely ”Kuurortlinna teejuht” (”Kylpyläkaupungin  opas”).